Bayburt Üniversitesi, eğitimde kalite ve akreditasyon süreçlerine büyük önem vermektedir. Üniversite, öğretim programlarının yenilikçiliği ve sürekli gelişimi için çeşitli akreditasyon kuruluşları ile işbirliği yapmaktadır. Bu çerçevede, Fen, Edebiyat, Fen-Edebiyat, Dil ve Tarih-Coğrafya Fakülteleri Öğretim Programları Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği (FEDEK) ile işbirliği yapılarak öğretim programlarının değerlendirilmesi ve akreditasyonu sağlanmaktadır.

Üniversitenin mühendislik fakülteleri ve programları da belirli akreditasyon süreçlerinden geçmektedir. Özellikle mühendislik programlarının kalite standartlarını yükseltmek amacıyla akreditasyon süreçleri titizlikle yürütülmektedir.

Bayburt Üniversitesi, yükseköğretimde başarıyı ve eğitim kalitesini artırmak için düzenli olarak seminerler ve bilgilendirme toplantıları düzenlemekte, öğretim üyeleri ve idari personel için eğitimler sağlamaktadır​