Uluslararası Balkan Üniversitesi, öğrencilerinin sağlık ve esenliğini önemsemekte ve onların eğitim süreçleri boyunca sağlıklı kalmaları için gerekli desteği sağlamayı hedeflemektedir. Kampüs içinde doğrudan kapsamlı bir tıp fakültesi hastanesi veya büyük bir sağlık merkezi bulunmamakla birlikte, öğrencilerin sağlık hizmetlerine erişimi için çeşitli düzenlemeler ve yönlendirmeler sağlanmaktadır. Üsküp'teki sağlık hizmetleri altyapısı oldukça gelişmiştir; devlet ve özel hastaneler, poliklinikler, aile hekimliği merkezleri ve eczaneler aracılığıyla geniş bir sağlık hizmeti ağı sunulmaktadır. Üniversite, öğrencilerinin sağlık ihtiyaçları için bu yerel sağlık kuruluşlarına erişmeleri konusunda detaylı bilgi ve yönlendirme sağlayabilmektedir. Acil durumlarda veya rutin kontrollerde öğrencilerin hızlıca sağlık hizmetlerine ulaşabilmesi için gerekli irtibat bilgileri ve prosedürler hakkında bilgilendirmeler yapılmaktadır. Uluslararası öğrenciler için genellikle Kuzey Makedonya'da eğitim süreleri boyunca geçerli olacak bir sağlık sigortası yaptırmaları şiddetle önerilmektedir. Bu sigorta, beklenmedik sağlık sorunları, acil durumlar veya düzenli sağlık kontrolleri durumunda finansal güvence sağlar ve öğrencilerin sağlık hizmetlerinden kolayca faydalanabilmelerini kolaylaştırır. Üniversitenin ilgili birimleri, sağlıkla ilgili konularda öğrencilere rehberlik etmekte, sigorta süreçleri hakkında bilgi vermekte ve gerektiğinde uygun sağlık kuruluşlarına yönlendirme yapmaktadır. Ayrıca, öğrencilerin psikolojik ve sosyal iyi oluşlarını desteklemek amacıyla bireysel danışmanlık hizmetleri de sunulabilmektedir. Bu hizmetler, öğrencilerin akademik ve kişisel yaşamlarında karşılaşabilecekleri zorluklarla başa çıkmalarına yardımcı olmayı amaçlar. IBU öğrencileri, Üsküp'teki genel sağlık altyapısından faydalanabilmekte olup, üniversite bu süreçte destekleyici ve kolaylaştırıcı bir rol üstlenmektedir.