Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi, Üniversitenin en önemli özelliklerinden biri, kökenlerini Osmanlı döneminde kurulan vakıflardan almasıdır. Fatih Sultan Mehmet Han Vakfı, Sinan Ağa bin Abdurrahman Vakfı, Nurbanu Valide Sultan Vakfı, Hatice Sultan Vakfı ve Abdullahoğlu Hacı Abdülaziz Ağa Vakfı gibi köklü vakıflar tarafından desteklenmektedir. Bu vakıflar, Osmanlı döneminden itibaren eğitim ve kültür faaliyetlerine katkıda bulunmuş ve üniversite bu mirası günümüze taşımaktadır​​.

İstanbul'un tarihi yarımadasında konumlanan üniversite, öğrencilere eşsiz bir kültürel ve tarihi ortam sunmaktadır. Üniversite binaları, Osmanlı İstanbul'unun tarihi yapıları içinde yer almakta, bu da öğrencilere kültür, tarih ve sanatla iç içe bir eğitim imkanı sağlamaktadır​.

Üniversite, çok dilli eğitim imkanı sunmaktadır. Eğitim dili ağırlıklı olarak Türkçe olmakla birlikte, bazı fakültelerde ve programlarda İngilizce ve Arapça eğitim de verilmektedir. İslami İlimler Fakültesi'nde eğitim dili Arapça iken, Mimarlık ve Tasarım Fakültesi, Mühendislik Fakültesi ve Psikoloji Bölümünde dersler yüzde otuz oranında İngilizce olarak sunulmaktadır​.

Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi, yirmi iki araştırma merkezi ve beş uygulama merkezi ile geniş bir araştırma ağına sahiptir. Bu merkezler, hem ulusal hem de uluslararası düzeyde bilimsel araştırmalar yürütmekte ve öğrencilere araştırma fırsatları sunmaktadır​. Üniversitenin akademik yapısı, sekiz fakülte, bir enstitü, iki meslek yüksekokulu ve üç dil okulunu kapsamaktadır. Bu geniş akademik yapı, öğrencilere çeşitli disiplinlerde eğitim alma imkanı sağlamaktadır​