Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesi, 2010 tarihli 5981 sayılı kanunla ve Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün eliyle kuruldu; öz-beyanına göre kuruluş sermayesi Fatih Sultan Mehmet Han, Sinan Ağa bin Abdurrahman, Nurbanu Valide Sultan, Hatice Sultan ve Abdullahoğlu Hacı Abdülaziz Ağa vakıflarının gelirlerinden geliyor. Yani arkasında bir şirket grubu yok; devlet idaresindeki tarihî vakıflar ve Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün kurduğu bir yapı var. Bu bağ, sonraki yıllarda yerleşke edinme biçimini de şekillendirmiş: birçok bina VGM restorasyonu ve tahsisiyle üniversiteye kazandırılmış. İstanbul'un farklı semtlerinde konumlanan üniversite, akademik yapısını kuruluşundan bu yana genişleterek sosyal-beşerî bilimler, din/klasik-sanat, hukuk-iktisat ve mühendislik alanlarını bir arada barındıran bir çerçeve oluşturmuş; tıp, diş hekimliği ya da iletişim gibi alanlarda lisans eğitimi vermiyor.

FSMVÜ'nün belki de en belirleyici özelliği, tek bir kampüse değil birden fazla yerleşkeye yayılmış olması ve her yerleşkenin farklı bir işlevi taşıması. Lisans öğrencisi, kayıtlı olduğu fakülteye göre üç ayrı yerleşkeden birine gider: Zeytinburnu'ndaki Topkapı Yerleşkesi (2024-2025'te hizmete girmiş, Vakıflar Genel Müdürlüğü-TOKİ iş birliğiyle inşa edilmiş yeni bir yapı; mühendislik, sanat-tasarım-mimarlık ve meslek yüksekokulu burada), Haliç Yerleşkesi (hukuk, iktisadi ve idari bilimler, İslami ilimler fakülteleri ile İngilizce-Arapça hazırlık eğitiminin yürütüldüğü yer) ve Üsküdar'daki, Mimar Sinan'ın tasarladığı tarihî Atik Valide Külliyesi içinde konumlanan yerleşke (eğitim ile insan ve toplum bilimleri fakülteleri burada). Bunların dışında lisansüstü eğitim Gülhane'deki tarihî bir binada, araştırma merkezleri Ayasofya Medresesi'nde, halka açık eğitim faaliyetleri ise Fatih'teki bir yerleşkede yürütülüyor; rektörlük de Yenikapı Mevlevihanesi'nde. Üniversite kendini şehrin ulaşım ağlarının kesişme noktasındaki tarihî ve modern yerleşkeler olarak tanıtıyor; her yerleşke için toplu taşıma bağlantılarını gösteren ayrıntılı bilgi sunuyor.

Eğitim dili programdan programa değişiyor. Bazı bölümler tamamen Türkçe, bazıları %30 veya %100 İngilizce, İslami İlimler Fakültesi ise tamamen Arapça eğitim veriyor; dil şartını karşılamayan öğrenciler bir yıl zorunlu hazırlık okuyor. Hazırlık eğitimi Haliç Yerleşkesi'nde yürütülüyor. Çift anadal ve yandal imkânı mevcut; çift anadal ikinci bir diploma verirken yandal bir sertifikayla sonuçlanıyor, ikisi de belirli bir başarı ortalaması ve zaman penceresi şartına bağlı. Uluslararası hareketlilik tarafında Erasmus+ kapsamında öğrenim ve staj değişimleri, buna ek olarak ikili akademik işbirlikleri ve kısa süreli yaz okulları yürütülüyor; mühendislik ve tasarım alanındaki öğrenciler için ayrıca IAESTE üzerinden uluslararası staj kanalı bulunuyor.

Araştırma ve uygulama altyapısı, üniversitenin iki eksenini de yansıtıyor. Bir tarafta Haliç'teki ALUTEAM, alüminyum sektörüne test, Ar-Ge ve eklemeli imalat hizmeti veren bir sanayi merkezi; Teknoloji Transfer Ofisi bünyesindeki kuluçka birimi de öğrenci ve akademisyenlere proje geliştirme ile mentorluk desteği sunuyor. Diğer tarafta, kurucu vakıfların mirasıyla örtüşen bir koruma-restorasyon hattı var: KURAM adlı merkez ile buna bağlı mesleki belgelendirme kurumu, tasarım fakültesindeki koruma-onarım bölümü ve meslek yüksekokulundaki restorasyon programlarıyla birlikte çalışıyor. Ayasofya, Gülhane ve Fatih yerleşkelerinde ise yazma eserler, İslami sanatlar ve İslam bilim tarihi gibi alanlarda araştırma merkezleri yoğunlaşmış durumda; bu kümenin lisansüstü ayağını Prof. Dr. Fuat Sezgin İslam Bilim Tarihi Enstitüsü oluşturuyor. Barınma konusunda üniversiteye bağlı bir yurt bulunmuyor; şehir dışından gelen öğrencilere kayıt döneminde dış yurtlara yönlendirme yapıldığı belirtiliyor.