Amasya Üniversitesi, 2006 yılında 5467 sayılı Kanun'la kurulmuş bir devlet üniversitesi. Temelinde, o dönem Ondokuz Mayıs Üniversitesi'ne bağlı olan Eğitim Fakültesi, Amasya Meslek Yüksekokulu, Sağlık Yüksekokulu ve Merzifon Meslek Yüksekokulu var; yani üniversite tek bir çekirdekten değil, şehirde önceden var olan eğitim birimlerinin bir çatı altında birleşmesinden doğmuş. Kuruluşundan bu yana akademik yapısını genişletmiş; eğitim kökenli bu yapı zamanla sağlık, mühendislik-mimarlık ve sanat gibi alanlara doğru yayılmış durumda. Amasya, Yeşilırmak Vadisi ile Harşena Dağı arasında konumlanmış tarihî bir şehir; üniversitenin kendi anlatısına göre şehirle iç içe bir yaşam sunuluyor, ancak yerleşkelerin şehrin farklı noktalarına dağılmış olması bu izlenimi biraz nüanslı kılıyor.

Amasya Üniversitesi'nin eğitim yapısı tek bir kampüs etrafında değil, birbirinden ayrı birkaç yerleşke etrafında şekilleniyor. Merkezde Milli Hakimiyet Yerleşkesi rektörlüğü, Eğitim Fakültesi'ni ve enstitüleri barındırırken; Yeşilırmak Yerleşkesi'nde mühendislik, mimarlık, ilahiyat ve yabancı diller eğitimi bir arada yürüyor. İpekköy'de ise insan ve toplum bilimleri ile sağlık bilimleri ağırlıklı bir kampüs var; tıp eğitimi ise bunlardan bağımsız olarak, kendi adını taşıyan bir Sağlık Bakanlığı eğitim-araştırma hastanesiyle aynı cadde üzerinde yürütülüyor. Bunların dışında Merzifon, Suluova, Gümüşhacıköy ve Taşova'da ilçe düzeyinde yerleşkeler bulunuyor; Merzifon'daki İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, merkez yerleşkelerden bağımsız olarak burada eğitim veriyor. Eğitim dili büyük ölçüde Türkçe; yalnız İngilizce Öğretmenliği ve İngilizce Mütercim-Tercümanlık programlarına yerleşen öğrenciler için bir yıllık zorunlu İngilizce hazırlık uygulanıyor, muafiyet ise sınav veya belirli yabancı dil belgeleriyle mümkün.

Araştırma tarafında dikkat çeken nokta, dışa açık hizmet veren bir merkezi analiz laboratuvarının (AUMAULAB) varlığı; burada kromatografi ve spektroskopi ağırlıklı cihazlarla ücretli analiz hizmeti veriliyor ve bölgedeki ziraat odaları ile şeker fabrikası gibi kuruluşlarla bağlantılar kurulmuş. Teknoloji Transfer Ofisi üzerinden proje desteği, fikri haklar ve üniversite-sanayi işbirliği yürütülüyor; bunun yanında kenevir uygulama ve araştırmalarına odaklanan ayrı bir koordinatörlük de bulunuyor. Çift anadal ve yandal başvuruları ayrı bir portal üzerinden yürüyen, yıllık takvimi olan işleyen bir mekanizma; alan dışı seçmeli ders uygulaması da üniversitenin eğitim modelinin bir parçası. Uluslararası hareketlilik tarafında Erasmus+, Farabi ve Mevlana koordinatörlükleri Uluslararası İlişkiler Birimi çatısı altında yürütülüyor; yurt dışından gelecek öğrenciler için Türkçe yeterlilik sınavı ve TÖMER desteği söz konusu.

Barınma konusunda üniversitenin kendine ait bir yurt işletmesi bulunmuyor; öğrenciler KYK yurtlarından yararlanıyor ve bu yurtlar şehir içinde, ilgili yerleşkelerin bulunduğu mahallelere dağılmış durumda. Kütüphane sistemi bir merkez kütüphane ile birlikte birkaç şube ve birim kütüphanesinden oluşuyor; kampüs dışından erişim için IP tabanlı bir sistem ve VPN uygulaması var. Engelli öğrencilere yönelik olarak merkezi bir Engelsiz Erişim Birimi bulunuyor; fiziksel erişilebilirlik düzenlemeleri ve psikososyal destek hizmetleri bu birim üzerinden yürütülüyor. Uzaktan eğitim tarafında ise üniversite sıfırdan bir lisans programı sunmuyor; bunun yerine tezsiz yüksek lisans, bazı önlisans programları ve İlahiyat alanında bir lisans tamamlama (İLİTAM) seçeneği mevcut.