1974'te Maliye-Muhasebe Yüksekokulu olarak başlayan iktisadi-idari bilimler geleneği, zamanla büyüyerek Afyon Kocatepe Üniversitesi'nin çekirdeğini oluşturmuştur. Kendisi Afyonkarahisar'da konumlanan bu devlet üniversitesi, kuruluşundan bu yana akademik yapısını genişletmiş; 2018 yılında insan sağlığına yönelik lisans birimlerini (o dönem ayrı kurulan bir sağlık bilimleri üniversitesine devrederek) bu üniversiteden ayırmış, buna karşılık veterinerlik, mühendislik-teknoloji, sosyal-beşerî bilimler, sanat ve turizm gibi alanlarda karma bir akademik profil sürdürmüştür. Bugün tıp, diş hekimliği ve eczacılık gibi insan-sağlığı lisans programları bulunmazken, sağlık bilimleri alanında lisansüstü eğitim ve veteriner sağlık altyapısı varlığını korumaktadır.

Eğitimin ana merkezi Ahmet Necdet Sezer Kampüsü'dür; buradaki tanıma göre fakültelerin büyük bölümü, enstitüler ve rektörlük burada toplanmıştır. Ancak Afyon Kocatepe'yi tek-merkezli bir yapı olarak tarif etmek de doğru olmaz: Bolvadin ilçesinde fakülte düzeyinde bir lisans birimi, Sandıklı ve Dinar'da ise uygulamalı bilimler yüksekokulları bulunur; bunlara ek olarak il genelinde yayılmış çok sayıda meslek yüksekokulu önlisans eğitimi verir. Böylece aday, merkez kampüs dışında bir ilçede lisans eğitimi görme olasılığıyla da karşılaşabilir. Eğitim dili büyük ölçüde Türkçedir; yabancı dilde eğitim yalnız belirli programlarda (örneğin İngilizce İşletme, Yabancı Diller Eğitimi, Mütercim-Tercümanlık, Turizm ve Gastronomi Yönetimi) zorunlu hazırlık sınıfıyla birlikte yürütülür, diğer programlarda hazırlık isteğe bağlıdır. İlahiyat Fakültesi'nde ise kendine özgü bir uygulama olarak eğitimin %30'u Arapça yürütülmekte, yeterlilik sınavını geçemeyen öğrenciler Arapça hazırlık sınıfı okumaktadır.

Araştırma altyapısı açısından üniversitenin kendi ifadesiyle öne çıkan unsurlardan biri, malzeme karakterizasyonu ağırlıklı hizmet veren merkezi analiz laboratuvarı TUAM'dır; bu laboratuvar döner sermaye çerçevesinde üniversite dışına da hizmet sunar. Kampüste ayrıca hayvan hastanesi, deney hayvanları birimi, yaban hayatı rehabilitasyon merkezi ve bir uygulama çiftliğinden oluşan geniş bir veterinerlik uygulama zinciri bulunur. Teknoloji transferi ve girişimcilik tarafında bir Teknoloji Transfer Ofisi ile kampüsle bağlantılı Zafer Teknopark yer alır; öğrenci yarışma takımları için ayrılmış atölye ve pist altyapısı da kurumsallaşmıştır. Uluslararası hareketlilik tarafında Erasmus+ programı hem Avrupa hem Avrupa dışı ülkelerle yürütülmekte, ayrıca Farabi ve Mevlana değişim programları için de yapı kurulmuş durumdadır; uluslararası öğrenci kabulü kendi kurumsal yerleştirme sistemi (AKÜYOS) üzerinden birden çok yerleştirme turuyla gerçekleştirilir. Barınma konusunda kampüs içinde özel işletmeli bir yurt yapısı ile kampüse bitişik ve ilçelerde konumlanmış KYK yurtları bir arada işlemektedir.