Trakya Üniversitesi, kuruluş sürecinde bugünkünden daha geniş bir yapıya sahipti; Tekirdağ Ziraat Fakültesi gibi birimleri de içeriyordu, ancak zamanla Çanakkale Onsekiz Mart, Namık Kemal ve Kırklareli üniversitelerine bağlanan birimlerin ayrılmasıyla artık Edirne il sınırları içinde, "1 il, 4 ilçe" düzeninde örgütlenmiş bir yapıya kavuştu. Bugün eğitim ağı Edirne merkezdeki birkaç yerleşkeye ve Keşan, Uzunköprü, Havsa, İpsala ilçelerindeki meslek yüksekokulu ve yüksekokul birimlerine yayılmış durumda. Rektörlük ve çok sayıda fakülte Balkan Yerleşkesi'nde toplanmış; bunun yanında mühendislik eğitimi Prof. Dr. Ahmet Karadeniz Yerleşkesi'nde, eğitim fakültesi Kosova Yerleşkesi'nde (adına bakılırsa yurt dışını çağrıştırsa da bu, Edirne merkezde bir yerleşke), uygulamalı bilimler eğitimi ise kentin işlek bir caddesinde konumlanan, üniversitenin kurucu kampüsü sayılan Ayşekadın Yerleşkesi'nde sürüyor. Güzel Sanatlar Fakültesi'nin bulunduğu Karaağaç ise ayrı bir karaktere sahip: tarihî bir dokunun içinde, doğa tarihi, Lozan ve resim-heykel müzelerini bir arada barındıran bir bölge.

Eğitim dili ağırlıklı olarak Türkçe; bazı bölümlerde kısmen İngilizce eğitim veriliyor, Almanca/Bulgarca/İngilizce Mütercim-Tercümanlık gibi dil temelli programlarda ise ilgili dilin bilinmesi aranıyor. Hazırlık eğitimi zorunlu veya isteğe bağlı olabiliyor; Yabancı Diller Yüksekokulu bünyesinde yürütülen bu süreçte yeterlik sınavıyla muafiyet mümkün, hazırlıkta azami süre iki yıl olarak belirlenmiş. Uluslararası öğrenciler için Türkçe öğretimi DİLMER bünyesinde veriliyor. Akademik yapı sağlık alanında geniş bir kümeye sahip -Tıp, Diş Hekimliği, Eczacılık ve Sağlık Bilimleri gibi birimler kampüs içindeki üniversite hastanesiyle klinik eğitimi bir araya getiriyor- ve Eğitim Fakültesi kurumun köklerinden biri olarak öne çıkıyor; bunların yanında mühendislik, mimarlık, sosyal bilimler, sanat, spor ve ilahiyat alanlarıyla tablo karma bir görünüm sunuyor. Balkan yönelimi de kurumsal yapının içine işlemiş durumda: Balkan Üniversiteler Birliği'nin sekretaryası burada yürütülüyor, Balkan Araştırma Enstitüsü ve Türkiye'de alışılmadık bir yapı olan Roman Dili ve Kültürü Araştırmaları Enstitüsü bulunuyor, ayrıca Kosova ve Makedonya'daki üniversitelerle Mimarlık ve Türk Dili-Edebiyatı alanlarında çift diploma veren ortak lisans programları yürütüldüğü belirtiliyor (bu programların güncel işlerliği resmî kaynaklarda açıkça teyit edilmiyor).

Araştırma ve uygulama altyapısı bölgeye ve topluma dönük bir karakter taşıyor: kampüs içindeki hastanenin yanında diş hekimliği kliniği, öğrenci ziyaretlerine açık bir merkez laboratuvarı, teknoloji transfer merkezi ve üniversiteye bağlı bir teknopark yer alıyor. Sultan II. Bayezid Külliyesi'ndeki Sağlık Müzesi -Avrupa Konseyi'nden ödül almış ve UNESCO'nun geçici mirası listesine girmiş- ile Karaağaç'taki doğa tarihi, Lozan ve resim-heykel müzeleri, üniversitenin şehrin tarihî dokusuyla kurduğu bağı gösteriyor. Bunlara bir arboretum, bir herbaryum, uygulama anaokulları ve bir üniversite radyosu ekleniyor. Öğrencilere yönelik hareketlilik olanakları Erasmus+, Mevlana ve Farabi programları üzerinden Dış İlişkiler biriminin çatısı altında yürütülüyor; barınma konusunda ise resmî anlatı KYK yurtları, özel yurtlar ve kiralık daireler üzerine kurulu.