Üniversite, 1988-1989 eğitim-öğretim yılında Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Çorlu Meslek Yüksekokulu ve Keşan Meslek Yüksekokulu’nu açmış, 1990-1991 eğitim-öğretim yılında Biga Meslek Yüksekokulu'nu, 1991-1992 döneminde ise Devlet Konservatuvarı'nı bünyesine katmıştır. 1992’de Çorlu Mühendislik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Eğitim Fakültesi, 1993-1994 döneminde ise Edirne Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Tekirdağ Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Zaman içinde Trakya Üniversitesi bünyesinde birçok yeni fakülte, yüksekokul ve meslek yüksekokulu açılmıştır.

Üniversite, 1998 yılında rektörlük binasını Karaağaç'ta bulunan tarihi Edirne Garı'na taşıyarak faaliyetlerini burada sürdürmeye başlamıştır. Ayrıca, Karaağaç Yerleşkesi'nde Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi kurulmuş ve 19 Temmuz 1998 tarihinde 9. Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel tarafından açılmıştır.

Trakya Üniversitesi, özellikle Balkan ülkeleri ile ilişkilerini geliştirerek uluslararası alanda da kendisini tanıtmış ve eğitim-öğretim kalitesi açısından önemli adımlar atmıştır. Üniversite, sunduğu eğitim-öğretim kalitesi, bilimsel etkinlikler ve uluslararası ilişkilerdeki gelişmeler ile bölge ve ülke sorunlarına yönelik çeşitli misyonlar üstlenmektedir.