Selçuk Üniversitesi'nin temelleri, 1957 yılında Denizli'de eğitime başlayan ve 1976 yılında Eğitim Enstitüsü'ne dönüştürülen Kız Öğretmen Okulu ile aynı yıl kurulan Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi'ne dayanmaktadır. 1982 yılında Dokuz Eylül Üniversitesi'ne bağlanan Denizli Mühendislik Fakültesi de bu temeller arasında yer almaktadır.

Selçuk Üniversitesi, resmi olarak 11 Temmuz 1992 tarihinde yayımlanan 3837 sayılı Kanun ile kurulmuştur. Kuruluşunda Fen-Edebiyat Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi, Tıp Fakültesi ve Mühendislik Fakültesi gibi önemli akademik birimlere sahip olan üniversite, zamanla bünyesini genişletmiştir.

Üniversitenin önemli dönüm noktalarından biri, 1982 yılında gerçekleşmiştir. Bu tarihte Fen ve Edebiyat fakültelerinin birleştirilmesiyle Fen-Edebiyat Fakültesi kurulmuş, ayrıca Selçuk Yüksek Öğretmen Okulu Eğitim Fakültesi'ne, Konya Devlet Mühendislik-Mimarlık Akademisi Mühendislik-Mimarlık Fakültesi'ne ve Konya Yüksek İslam Enstitüsü İlahiyat Fakültesi'ne dönüştürülmüştür. Aynı yıl Hukuk, Tıp, Ziraat ve Veteriner Fakülteleri ile Sağlık, Fen ve Sosyal Bilimler Enstitüleri de kurulmuştur.

Selçuk Üniversitesi, 2011 yılında gerçekleştirilen düzenlemelerle Meram Tıp Fakültesi, Ahmet Keleşoğlu Eğitim Fakültesi ve İlahiyat Fakültesi'ni bünyesinden ayırarak Konya'daki ikinci devlet üniversitesine bağlamıştır. 2013 yılında ise Seydişehir Ahmet Cengiz Mühendislik Fakültesi, Seydişehir Meslek Yüksekokulu, Seydişehir Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Ereğli Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi, Ereğli Eğitim Fakültesi ve Konya Ereğli Kemal Akman Meslek Yüksekokulu aynı üniversiteye devredilmiştir. 2018 yılında ise Mühendislik Fakültesi, Mimarlık Fakültesi ve Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Konya'da kurulan üçüncü devlet üniversitesine bağlanmıştır.

Günümüzde Selçuk Üniversitesi, 23 fakülte, 7 enstitü, 5 yüksekokul, 1 konservatuvar, 23 meslek yüksekokulu ve 53 araştırma merkezi ile eğitim-öğretim faaliyetlerine devam etmektedir. 70.000'i aşkın öğrenci ve 7.000'in üzerinde personeliyle Türkiye'nin en büyük öğretim kurumları arasında yer almaktadır.