Muğla Sıtkı Koçman Üniversitesi, 1992 yılında Muğla Üniversitesi adıyla kurulmuş bir devlet üniversitesidir; adındaki "Sıtkı Koçman" bir kurucu ismi değil, üniversitenin resmî anlatısında "hamisi" olarak geçen bağışçının adıdır ve mevcut isim 2012'de bir Resmî Gazete kararıyla benimsenmiştir. Merkez yerleşke, çoğu kişinin sandığının aksine kıyıda değil, Muğla il merkezine bağlı Menteşe ilçesinde, Kötekli mevkiindedir; buna karşılık Bodrum, Marmaris, Fethiye, Milas, Dalaman gibi ilçelerde de fakülte, yüksekokul veya meslek yüksekokulu düzeyinde ayrı birimler bulunur ve bu birimlerin çoğu bulunduğu ilçenin karakteriyle örtüşür — Bodrum'da denizcilik ve güzel sanatlar, Marmaris'te turizm, Milas'ta veterinerlik, Dalaman'da sivil havacılık gibi. Böylece Muğla Sıtkı Koçman, tek bir kampüsten ibaret değil, il ölçeğine yayılmış, akademik ağırlığı yine de merkez yerleşkede yoğunlaşan bir yapıya sahiptir.

Eğitim dili büyük ölçüde Türkçedir, ama bunun yanında seçili bir İngilizce çekirdek de işler: mühendislik programlarının bir kısmı, Tıp Fakültesi, İktisat ve turizm alanındaki bazı programlar tamamen İngilizce hazırlık gerektirirken, bazı sosyal bilim programlarında %30 İngilizce karma model uygulanır. Hazırlık, isteğe bağlı veya zorunlu olmak üzere iki ayrı rejimle yürütülür ve bunu Yabancı Diller Yüksekokulu üstlenir; süresi bir yıldır ve başarısızlık durumunda öğrencinin durumu, hazırlığın zorunlu mu isteğe bağlı mı olduğuna göre değişir. Akademik yapı klasik güz-bahar yarıyıl düzenine dayanır; ayrıca kendi yönetmeliğiyle işleyen bir yaz okulu, çift ana dal ve yan dal olanakları (biri diploma, diğeri sertifika ile sonuçlanan) mevcuttur.

Kampüs yaşamı içinde kütüphane, öğrenci sağlığı için mediko birimi, engelli öğrencilere yönelik ayrı bir destek birimi ve barınma tarafında hem KYK yurtları hem de kampüs içinde işleyen özel bir yurt işletmesi yer alır; bu yurtta üniversitenin kendi kontenjanı ve bazı öğrenci gruplarına yönelik ücretsiz yararlanma kuralları tanımlıdır. Araştırma tarafında, üniversitenin kendi ifadesiyle bölgenin ürün ve ekosistemlerine bağlı, coğrafyaya gömülü bir uygulamalı araştırma eğilimi göze çarpar — zeytincilik, arıcılık, kıyı ve sualtı araştırmaları, turizm işletmeciliği gibi alanlarda çalışan merkezler bunun bir yansımasıdır. Uluslararası hareketlilik tarafında Erasmus+, Mevlana ve Farabi programları Uluslararası İlişkiler Koordinatörlüğü çatısı altında yürütülür; ayrıca uluslararası öğrenci kabulü kendi başvuru portalı ve çok dilli bir arayüzle desteklenir. Üniversitenin fiziksel çekirdeğinde bağışçı finansmanlı tesislerin (öğrenci sarayı, spor tesisleri, bazı fakülte binaları) izleri görülür; bu, kurumun tarihsel kimliğinin bir parçasıdır, ama 2010'lu yıllardan sonra eklenen sağlık ve mühendislik ağırlıklı birimler bu modelin dışında büyümüştür.