İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa, 2018 yılında çıkarılan 7141 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile İstanbul Üniversitesi'nden ayrılarak kurulmuş, bağımsız bir tüzel kişiliğe sahip devlet üniversitesidir. Adındaki "Cerrahpaşa" bir yanılgıya yol açabilir: idari merkez ve rektörlük Avcılar Yerleşkesi'ndedir, Cerrahpaşa (Fatih) yerleşkesi ise Tıp ve Diş Hekimliği fakültelerinin bulunduğu, hastaneyle iç içe bir sağlık yerleşkesidir. Üniversitenin akademik ağırlığı sağlık bilimleri etrafında şekillenir; buna mühendislik, orman, veterinerlik, eğitim ve spor bilimleri gibi uygulamalı alanlar eklenir. Hukuk, fen-edebiyat, iletişim veya güzel sanatlar gibi alanlarda lisans düzeyinde bir seçenek bulunmaz; işletme ve iktisat ise kuruluş aşamasındadır.

Eğitim dili büyük ölçüde Türkçedir, ancak tıp alanında tam İngilizce yürütülen ayrı bir program hattı vardır ve buna bağlı olarak Cerrahpaşa yerleşkesinde ayrı bir İngilizce Tıp Programı Binası bulunur. Yabancı dil hazırlığı üniversite genelinde zorunlu değildir; hangi programın hazırlık gerektirdiği programdan programa değişir, isteğe bağlı hazırlık ise sınırlı kontenjanla sunulur. Hazırlık eğitimi Büyükçekmece Yerleşkesi'ndeki Yabancı Diller Yüksekokulu bünyesinde yürütüldüğünden, hazırlık okuyan bir öğrencinin ilk yılı, kayıtlı olduğu bölümün bulunduğu yerleşkeden farklı bir kampüste geçebilir.

Üniversitenin yerleşke yapısı tek bir merkezden değil, birbirinden farklı karakterdeki birkaç yerleşkeden oluşur. Avcılar'da rektörlük, mühendislik, veterinerliğin klinik birimleri ve spor bilimleri bulunurken; Büyükçekmece'de eğitim, sağlık bilimleri, eczacılık ve yabancı diller yüksekokulu yer alır; Bahçeköy'deki orman fakültesi ise uygulama ormanı, sera ve bilimsel koleksiyonlar gibi saha-altyapısıyla öne çıkar. Bu dağılım zaman içinde değişkenlik gösterebiliyor — örneğin sağlık bilimleri fakültesi 2019'da, hemşirelik fakültesi ise 2025'te başka yerleşkelere taşınmış; veteriner fakültesi ise kendi ifadesiyle deprem sonrası iki kampüste eğitime devam ediyor. Bu nedenle bir programın hangi yerleşkede yürütüldüğü, güncel resmî kayıtlardan doğrulanmalıdır.

Uygulamalı eğitim, üniversitenin kimliğinde belirgin bir yer tutar: tıp ve diş hekimliği fakülteleri kendi hastane randevu hatlarıyla çalışır, veteriner fakültesinin Avcılar'daki hayvan hastanesinde öğrenciler nöbet ve gezici klinik uygulamalarına katılır. Araştırma tarafında Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü ve bir Avrupa Birliği proje ofisi bulunur; ayrıca Teknoloji Transfer Uygulama ve Araştırma Merkezi (PROTEK) aracılığıyla üniversitenin araştırma çıktılarının uygulamaya taşınmasına yönelik bir yapı işletilir. Uluslararası hareketlilik tarafında Erasmus+ programı merkezi bir koordinatörlük üzerinden yürütülür ve başvuru için yalnızca üniversitenin kendi yaptığı dil sınavı kabul edilir; yurt dışından gelecek adaylar için ise kendi sınavı İÜCYÖS başta olmak üzere çeşitli uluslararası sınav ve diplomaların tanındığı ayrı bir uluslararası öğrenci kabul sistemi işler.