Iğdır Üniversitesi'nin çeşitli fakülteleri ve enstitüleri, akademik programlarının kalitesini artırmak amacıyla akreditasyon süreçlerinden geçmiştir. Bu bağlamda, Iğdır Üniversitesi bazı bölümlerinde akreditasyon sağlamış durumdadır. Üniversitenin Mühendislik Fakültesi, Mühendislik Eğitim Programları Değerlendirme ve Akreditasyon Derneği (MÜDEK) tarafından akredite edilmiştir. Bu akreditasyon, mühendislik eğitim programlarının ulusal ve uluslararası standartlara uygunluğunu ve kalitesini garanti eder.

Ayrıca, Iğdır Üniversitesi'nin Ziraat Fakültesi de belirli akreditasyon süreçlerine tabi tutulmuştur. Üniversitenin kalite süreçlerine verdiği önem, eğitimde sürekli iyileştirmeyi ve öğrencilerin en iyi şekilde eğitim almasını hedeflemektedir​.