Şanlıurfa’da kurulan ilk yükseköğretim birimi olan Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu, 1976 yılında Dicle Üniversitesi'ne bağlı olarak kurulmuştur. Ardından 1978 yılında Ziraat Fakültesi, 1984 yılında İnşaat Mühendisliği Bölümü ve 1988 yılında Gaziantep Üniversitesi'ne bağlı olarak İlahiyat Fakültesi kurulmuştur. Harran Üniversitesi, 11 Temmuz 1992 tarihli ve 21281 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 3 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı kanun ile kurulmuş ve bu birimler Harran Üniversitesi'ne bağlanmıştır. Aynı kanunla Fen-Edebiyat Fakültesi, Tıp Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü de kurulmuştur.

Harran Üniversitesi, zaman içinde hızlı bir büyüme göstermiş ve çeşitli fakülteler, yüksekokullar ve meslek yüksekokulları açılmıştır. 1994 yılında Siverek Meslek Yüksekokulu, Hilvan Meslek Yüksekokulu, Suruç Meslek Yüksekokulu, Birecik Meslek Yüksekokulu, Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Viranşehir Meslek Yüksekokulu ve Bozova Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. 1995 yılında Veteriner Fakültesi ve İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi eklenmiştir. 1995 yılında ayrıca Akçakale Meslek Yüksekokulu ve Ceylanpınar Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.

1996 yılında Sağlık Yüksekokulu kurulmuş, 2006 yılında ise Kahta Meslek Yüksekokulu Adıyaman Üniversitesi'ne bağlanmıştır. 2007 yılında Eğitim Fakültesi, Güzel Sanatlar Fakültesi, Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu ve 2007'de Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu eklenmiştir. 2011 yılında Devlet Konservatuarı kurulmuş, 2012 yılında Yabancı Diller Yüksekokulu ve Viranşehir Sağlık Yüksekokulu açılmıştır. 2012 yılında Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu, Şanlıurfa Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu ve Şanlıurfa Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu olarak ikiye ayrılmıştır.

2012 yılında Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi kurulmuş, 2015 yılında Siverek Uygulamalı Bilimler Fakültesi ve Diş Hekimliği Fakültesi eklenmiştir. 2016 yılında Sağlık Yüksekokulu, Sağlık Bilimleri Fakültesi’ne dönüştürülmüştür. 2017 yılında Halfeti Meslek Yüksekokulu, 2018 yılında Harran Meslek Yüksekokulu ve Eczacılık Fakültesi eklenmiştir.

Bugün, Harran Üniversitesi 14 fakülte, 4 yüksekokul, 1 devlet konservatuvarı, 13 meslek yüksekokulu, 3 enstitü ve 15 araştırma ve uygulama merkezi ile eğitim-öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Harran Üniversitesi, köklü geçmişi ve sürekli gelişen yapısıyla öğrencilere kaliteli bir eğitim sunarak, bölgeye katkı sağlamaya devam etmektedir.