Hakkari Üniversitesi, eğitimde kaliteyi artırmak ve uluslararası standartlara uygun bir eğitim sunmak amacıyla akreditasyon çalışmalarına önem vermektedir. Üniversite bünyesinde çeşitli kalite komisyonları oluşturulmuş olup, bu komisyonlar aracılığıyla eğitim ve öğretim süreçlerinin iyileştirilmesi hedeflenmektedir. Üniversitenin Eğitim Öğretim Koordinatörlüğü ve Akreditasyon Kalite Çalışma Komisyonu, bu kapsamda önemli bir rol oynamaktadır.

Hakkari Üniversitesi'nin bazı programları ulusal ve uluslararası akreditasyon kurumları tarafından akredite edilmiştir. Özellikle mühendislik, sağlık bilimleri ve iktisadi ve idari bilimler gibi fakültelerdeki programların, ilgili akreditasyon kuruluşları tarafından değerlendirildiği ve akredite edildiği belirtilmektedir. Bu akreditasyonlar, programların belirli kalite standartlarını karşıladığını ve sürekli iyileştirme süreçlerine tabi olduğunu göstermektedir.

Ayrıca, Hakkari Üniversitesi Bologna süreci kapsamında, Avrupa Kredi Transfer Sistemi (ECTS) uyumluluğunu sağlamış olup, bu sayede öğrencilerin uluslararası hareketliliği ve ders kredilerinin tanınması kolaylaşmaktadır​.