Dokuz Eylül Üniversitesi, 20 Temmuz 1982 tarihinde "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında 41 Sayılı Kanun Hükmündeki Kararname" ile kurulmuştur. Üniversite, sağlıktan ekonomiye, sanattan mühendisliğe kadar geniş bir yelpazede nitelikli beyin gücü yetiştirerek ülkemize kazandırmayı ve toplumsal kalkınmaya katkıda bulunmayı amaçlamaktadır.

Kuruluşunda, Ege Üniversitesi'nden Güzel Sanatlar Fakültesi, Hukuk Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Tıp Fakültesi, Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü, Adalet Yüksekokulu, Aydın Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu; Milli Eğitim Gençlik ve Spor Bakanlığı'ndan Buca Eğitim Fakültesi, Denizli Mühendislik Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, Demirci Eğitim Yüksekokulu, Denizli Eğitim Yüksekokulu, İzmir Meslek Yüksekokulu; Kültür ve Turizm Bakanlığı'ndan İzmir Devlet Konservatuvarı ve Ankara İktisadi ve Ticari Bilimler Akademisi'nden Muğla İşletmecilik Yüksekokulu Dokuz Eylül Üniversitesi'ne bağlanmıştır.

Üniversitenin kuruluşunda ayrıca yeni açılan Fen Edebiyat Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Deniz İşletmeciliği ve Yönetimi Yüksekokulu, Eğitim Yüksekokulu ve Sanat Eğitimi Yüksekokulu ile birlikte toplam 24 birimle eğitim-öğretim çalışmalarına başlanmıştır. 1983 yılında Sanat Eğitimi Yüksekokulu kaldırılmış, 1987'de Manisa Maliye Muhasebe Yüksekokulu İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi'ne dönüştürülmüş ve çeşitli yeni meslek yüksekokulları, araştırma ve uygulama merkezleri kurulmuştur.

1992 yılında Ege Bölgesinde dört yeni üniversitenin kurulmasına katkıda bulunan Dokuz Eylül Üniversitesi'nden, Aydın'daki Veteriner ve Ziraat Fakülteleri ile Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu Adnan Menderes Üniversitesi'ne, Muğla'daki İşletmecilik ve Meslek Yüksekokulları Muğla Üniversitesi'ne, Manisa'daki İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Demirci Eğitim Yüksekokulu ile Beden Eğitimi ve Spor Bölümü Celal Bayar Üniversitesi'ne, Denizli'deki Tıp, Mühendislik Fakülteleri ile Eğitim ve Meslek Yüksekokulları Pamukkale Üniversitesi'ne bağlanmıştır. Aynı yıl Torbalı Meslek Yüksekokulu, İşletme Fakültesi, Hemşirelik Yüksekokulu, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu, Onkoloji Hemodiyaliz-Transplantasyon, Güzel Sanatlar Enstitüsü, Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Din Bilimleri Araştırma Enstitüsü ve Mühendislik-Mimarlık Fakültesi'nden ayrılan Mimarlık Fakültesi kurulmuştur.

Takip eden yıllarda, çeşitli araştırma ve uygulama merkezleri kurulmuş ve yüksekokullar ile fakülteler açılmıştır. 2010 yılında Fen-Edebiyat Fakültesi'nin adı Fen Fakültesi olarak değiştirilmiş ve Edebiyat Fakültesi kurulmuştur. 2011 yılında Hemşirelik Yüksekokulu, Hemşirelik Fakültesi'ne dönüştürülmüştür. 2021 yılında birçok uygulama ve araştırma merkezi kapatılmış veya isim değişikliğine gidilmiştir.

Dokuz Eylül Üniversitesi, YÖK tarafından 'Araştırma Üniversitesi' unvanı almış ve 2022 yılında "Kurumsal Akreditasyon Belgesi"ne layık görülmüştür. 2023 yılında ise çeşitli yeni merkezler kurulmuş ve bazı mevcut merkezler birleştirilerek yeniden yapılandırılmıştır.

Bugün Dokuz Eylül Üniversitesi, İzmir'in dört bir yanında; 10 enstitü, 18 fakülte, 2 yüksekokul, 1 konservatuvar, 6 meslek yüksekokulu ve 42 uygulama ve araştırma merkezi ile bilimsel araştırma ve yükseköğretim faaliyetlerini sürdürmektedir. Üniversitede yaklaşık 72.400 öğrenci eğitim görmekte olup, bunlar arasında 114 ülkeden gelen 6.300'den fazla uluslararası öğrenci bulunmaktadır. Ayrıca üniversite bünyesinde yaklaşık 3.000 akademik personel ve 4.900 idari personel görev yapmaktadır.