Çukurova Üniversitesi, 13 Şubat 1969 tarih ve 1099 Sayılı Yasa ile kurulan Ziraat Fakültesi ve 12 Nisan 1972 tarih ve 1578 Sayılı Kanun ile kurulan Tıp Fakültesi'nin 30 Kasım 1973 tarihinde 1786 Sayılı Kanun ile birleştirilmesi sonucu kurulmuştur. Üniversite, 1974 yılından itibaren Temel Bilimler, İdari Bilimler ve Mühendislik Fakültelerinin kurulması ile hızla büyümeye başlamış ve fakülte sayısı beşe yükselmiştir. 1982 yılında yapılan düzenlemelerle, Temel Bilimler Fakültesi Fen-Edebiyat Fakültesi'ne, İdari Bilimler Fakültesi, Adana İktisadi ve Ticari Bilimler Akademisi’nin Ekonomi ve İşletme Fakültesi ile birleşerek İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi'ne, Mühendislik Fakültesi ise Adana İktisadi ve Ticari Bilimler Akademisi’nin Mühendislik Fakültesi ile birleşerek Mühendislik-Mimarlık Fakültesi'ne dönüştürülmüştür.

1982 yılında ayrıca Adana, İçel ve Hatay illerinde Milli Eğitim Bakanlığı'na bağlı Yabancı Diller Yüksek Okullarının tümü Çukurova Üniversitesi çatısı altında toplanarak Eğitim Fakültesi oluşturulmuştur. Bu adım, üniversiteye büyük bir akademik güç kazandırmıştır. 1992 yılına gelindiğinde, üniversite bünyesinde 6 fakülte, 11 yüksekokul, 3 enstitü, 1 devlet konservatuvarı ve 22 araştırma ve uygulama merkezi bulunuyordu. Aynı yıl, üniversitenin bazı birimleri yeni kurulan Mersin Üniversitesi, Hatay Mustafa Kemal Üniversitesi ve Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi'ne devredilerek bu üniversitelerin kurulmasına büyük katkıda bulunulmuştur.

1993 yılında Su Ürünleri, İlahiyat, Diş Hekimliği ve Güzel Sanatlar Fakültelerinin kurulmasıyla fakülte sayısı 10'a yükselmiş, Adana Sağlık Meslek Yüksekokulu ve Kozan Meslek Yüksekokulu açılmıştır. 1994 yılında Karataş Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, 1995 yılında Karaisalı Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. 1996 yılında Beden Eğitimi ve Spor Öğretmenliği Bölümü, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu'na, Adana Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ise Adana Sağlık Yüksekokulu'na dönüştürülmüştür. 1997 yılında Kadirli Meslek Yüksekokulu'nun eklenmesiyle akademik birim sayısı 23'e ulaşmıştır.

2000 yılında Çukurova Üniversitesi, 10 fakülte, 9 yüksekokul, 3 enstitü ve 25 araştırma ve uygulama merkezine sahip olmuştur. 2007 yılında Osmaniye Korkut Ata Üniversitesi’nin kurulması ile Kadirli ve Osmaniye Meslek Yüksekokulu ile Osmaniye Mühendislik Fakültesi devredilmiştir. 2010 yılında üniversite, 13 fakülte, 4 yüksekokul, 9 meslek yüksekokulu, 1 devlet konservatuvarı, 3 enstitü ve 23 araştırma ve uygulama merkezi ile büyümeye devam etmiştir.

2011 yılında Eczacılık Fakültesi, İmamoğlu, Feke ve Tufanbeyli Meslek Yüksekokulları kurulmuş ve fakülte sayısı 14'e, meslek yüksekokulu sayısı ise 12'ye yükselmiştir. 2012 yılında Kozan İşletme Fakültesi, Aladağ Meslek Yüksekokulu ve Sivil Havacılık Yüksekokulu'nun eklenmesiyle fakülte sayısı 15'e, yüksekokul sayısı 5'e ve meslek yüksekokulu sayısı 13'e yükselmiştir. Çukurova Üniversitesi, 19 Aralık 2012 tarihinde Avrupa Komisyonu diploma eki etiketini alarak, çağdaş eğitim ve öğretimin simgesi olma yolunda önemli bir adım atmıştır.

Bugün itibariyle Çukurova Üniversitesi, 19 fakülte, 2 yüksekokul, 11 meslek yüksekokulu, 1 devlet konservatuvarı ve 4 enstitü ile bilgili ve nitelikli gençler yetiştirmektedir. Üniversite bünyesindeki 38 araştırma ve uygulama merkezi ise ülkemizin ihtiyaç duyduğu çeşitli araştırma ve bilimsel faaliyetleri sürdürmektedir. Çukurova Üniversitesi, modern binalar, laboratuvarlar ve eğitim-öğretim araçlarıyla donatılmış geniş altyapısı ile öğrencilere çağdaş bir eğitim sunmaktadır.