ÇOMÜ, Çanakkale'nin merkezinde konumlanan bir devlet üniversitesi. Şehir içinde birden fazla yerleşkeye yayılmış bir yapıya sahip: fakültelerin büyük kısmı Terzioğlu Yerleşkesi'nde toplanmış olsa da, eğitim fakültesi ve devlet konservatuarı şehir merkezindeki Anafartalar'da, ilahiyat ve denizcilik alanı Çanakkale Şehitleri Yerleşkesi'nde, diş hekimliği eğitimi ise Kepez'de ayrı bir yerleşkede yürütülüyor. Bunun yanında Biga ilçesindeki Ağaköy Yerleşkesi, iktisadi-idari bilimler ve uygulamalı bilimler alanlarında okuyacak öğrenciler için kendi kütüphanesi, yemekhanesi ve yurtlarıyla görece kendine yeten ayrı bir yaşam alanı oluşturuyor; ayrıca Ayvacık, Bayramiç, Çan, Ezine, Gelibolu, Gökçeada, Lapseki ve Yenice gibi ilçelerde meslek yüksekokulları bulunuyor. Bu, adayın kampüs kararının aslında bir yerleşke-ve-ilçe kararı olduğu anlamına geliyor; Terzioğlu'nda okuyacak bir öğrenci için günlük deneyim tek-kampüs gibi işlerken, eğitim, ilahiyat, diş hekimliği ya da Biga rotasına düşen öğrenci için tablo farklılaşıyor.

Akademik yapı bakımından ÇOMÜ, sağlık bilimlerinden mühendisliğe, sosyal bilimlerden sanata, tarım ve deniz bilimlerine kadar geniş bir yelpazede eğitim veriyor; ancak hukuk, eczacılık ve veterinerlik fakülteleri bulunmuyor — işletme, iktisat ve uluslararası ilişkiler gibi alanlar Siyasal Bilgiler Fakültesi (merkez) ya da Biga İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi üzerinden yürütülüyor. Lisansüstü eğitim tek bir çatı altında, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesinde toplanmış durumda; enstitü ayrıca uzaktan öğretim yoluyla tezsiz yüksek lisans programları da sunuyor. Yabancı dil hazırlığı üniversite genelinde zorunlu değil; yalnızca belirli programlarda (örneğin bazı öğretmenlik, mühendislik ve uluslararası ilişkiler benzeri alanlarda) zorunlu hazırlık uygulanıyor, geri kalan çoğu programda hazırlık isteğe bağlı bırakılıyor. Uluslararası öğrenciler için Türkçe hazırlık TÖMER üzerinden Terzioğlu'nda veriliyor; üniversitenin kendi anlatısına göre öğrenciler bu kanaldan Türkçe yeterliliğe ulaşıp bölümlerine geçiş yapıyor.

Araştırma ve uygulama altyapısı açısından ÇOMÜ'nün merkezi bir analiz laboratuvarı (ÇOBİLTUM) bulunuyor; bu birim görüntüleme, kromatografi gibi genel analiz hizmetlerinin yanında arkeometri, zeytinyağı, toprak ve çevre analizleri gibi bölgeye özgü uzmanlık alanlarında da çalışıyor ve kurum dışına da hizmet veriyor. Ayrıca Troas kültürleri ve arkeoloji, Çanakkale Savaşları tarihi, sualtı araştırmaları, deniz kaplumbağaları ve astrofizik gözlemi gibi yerel bağlama dönük araştırma merkezleri yerleşkelere dağılmış durumda. Dardanos Yerleşkesi'nde fakülte bulunmuyor; burası plaj, yüzme havuzu ve spor tesisleriyle sosyal bir alan işlevi görürken, turizm, ziraat ve deniz bilimleri fakültelerinin uygulama alanları da burada yer alıyor. Barınma konusunda üniversite kendi yurtlarını doğrudan işletmek yerine ağırlıklı olarak KYK yurtları ve özel yurtlarla birlikte işliyor; kampüs içinde bir KYK kız yurdu ve özel bir yurt bulunurken, Ayvacık gibi bazı ilçelerde üniversitenin kendi işlettiği yurt örnekleri de var. Kütüphane sistemi Terzioğlu'ndaki merkez kütüphane etrafında kurulu; kendi ifadesiyle 8.000 metrekarelik kapalı alanı ve geniş raf düzeniyle hizmet veriyor, ayrıca fakülte kütüphaneleri ve ilçelerde kitaplıklar bulunuyor. Uluslararası hareketlilik tarafında Erasmus, Mevlana ve Farabi gibi değişim kanalları ayrı birimler olarak yapılanmış; buna karşın resmî sitede uluslararası ortak diploma programına dair bir kayıt bulunmuyor.